Otto animali dello Zoo di New York, legati tra loro da una forte amicizia, si accorgono della scomparsa di due zebre ed evadono per andare a cercarle. Si troveranno insieme in Africa, in Madagascar insieme ad un gruppo di bizzarri pinguini e folli Lemuri. Gli animali newyorchesi, abituati a vivere in cattività, dovranno imparare cosa vuol dire abitare nella natura selvaggia.